アプリケーションが自由にインストールできる点は、Windows Mobileの大きなメリットの1つだ。すでに多くのアプリケーションがインターネット上に存在するので、これを自由にダウンロードし、インストールすることができる。アプリケーションの公開やインストールに制約はない。
さらに、iPhoneのApp Storeのようなアプリケーション配信プラットフォーム「Microsoft Marketplace for Mobile」が新たに導入されている。Marketplaceでは、さまざまな対応アプリケーションが一元的に配信されており、そこから簡単にアプリケーションを検索してインストールすることができる。
Marketplaceには、現時点でそれほど多くのアプリケーションが公開されているわけではないが、定番のスケジュールソフト「さいすけ」やmixi、Twitter対応クライアント「MZ3」など、幅広いアプリケーションが公開されている。
なお、Marketplaceが「アプリケーション配信の唯一の場」というわけではない。従来通り個人のWebサイトなどでも自由にアプリケーションが配信できる。実際に、公開されているアプリケーションは、インターネット上にあるアプリケーションの一部。アプリケーションをいろいろ試したい人は、インターネット上のサイトを探し歩く必要がある。
最初からインストールされているアプリケーションも多い。MSNマネー/MSNウェザー/MSN産経といったMSNサービス用のアプリケーションや、天気を調べる「ウェザーニュースタッチ」、ナビゲーションサービスの「NAVITIME」、電子書籍リーダの「コミック&ブンコビューア」が利用可能だ。名刺をカメラで撮影し、OCRでテキストを読み取る「名刺リーダ」、同じく普通の書類などを読み取る「情報リーダ」、カメラで撮影したものをPDF化して保存する「PDF SHOT」などもプリインストールされている。
クラウドサービスとの連携機能も搭載されている。「My Phone」サービスは、端末内の連絡先や予定、画像などのデータをオンラインに同期して保存してくれるというもの。自動的に同期されるので、端末紛失や買い換え時にも安心してデータが復活できる。Live SpaceやFacebookなどのSNSサービスにHYBRID W-ZERO3で撮影した画像を公開することも可能だ。最後に同期を行った場所をWebサイトから確認することもできる機能もある。