多彩なステージ構成! マルチプレイヤーモードもあり
ゲーム開始直後は、核戦争後のような無人の廃墟都市が舞台となる。ザコ敵ははっきりいってあまり強くないので、軽くあしらいつつ、ネイサンの圧倒的な強さを満喫しながらヒロイズムに浸るといい。最初の頃のステージは廃墟と化した高層ビル都市をターザンのように飛び回る爽快感を存分に味わいつつ、このゲームの特徴的なスウィングアクションに慣れていくといいだろう。
後半ステージで中ボスとして出てくるロボット兵器「バイオメック」、ホバー戦闘機「ポリクラフト」は、ステージ序盤ではボス格として登場してくる。こいつらは銃撃だけで倒すのは困難なので、序盤ステージで基本的な倒し方をマスターしておきたい。ヒントはバイオニック・アームを活用した技を駆使することだ。
地形的に不利な条件を背負っての戦闘シーンや、敵の数が多い難局などでは、けっこうゲームオーバーになってしまうことも多い。行き詰まりそうになったときは、敵のアウトレンジから攻撃を仕掛けるのがコツ。「バイオメック」が多数登場する局面などでは、同じ目線で対等に戦っていると相当苦労するが、バイオニック・アームで遮蔽物のほうへ逃げて、そこから一方的に攻撃……なんていうずるいテクニックもけっこう使える。
『バイオニック・コマンドー』では、体力ゲージの表示はないものの、内部的には存在しており、敵からの攻撃やその他の要因でダメージを受けるにつれて、画面全体が赤みを帯びていく。体力は一定時間攻撃を受けていなければ満タンに回復するシステムなので、画面が赤くなり出したら、遮蔽物に身を潜めるか、退却するのが基本戦略となる。
なお、ネイサンは、基本的には落下死はしない。どんなに高所から落ちても、バイオニック技術の特殊ブーツが着地衝撃を吸収してしまうという設定だからだ。ただし、ネイサンは身体が機械化されている関係で、比重が重くて泳ぐことができない。深い水への着地はほぼ「死」を意味するのである。なお、水没してしまっても、上空の近場にバイオニック・アームで掴める場所があれば、バイオニック・アームの巻き上げで水面上へ脱出することはできる。後半の水上ステージでの冒険はその意味でかなりスリリングだ。
ゲームステージの特定箇所には放射能濃度の濃い領域が設定されている。なんとなく青い霧っぽいエリアがこれに該当する。ここへ足を踏み入れると体力を消耗してしまうので、そうした領域を回避しながら先へ進むことを考えなければならない。ちなみに、この放射能エリアは、トラップ的にというよりは、実質的にはマップの都合というか、そこより先は進んで欲しくないという制作側の意思表示みたいなニュアンスもあるので、無理にそこへ入り込む必要はない。