東京医科歯科大学の研究チームは2月25日、2021年12月末から2022年2月中旬までの新型コロナウイルス感染症(COVID-19)患者40名から検出した新型コロナウイルス(SARS-CoV-2)の大多数がオミクロン系統株「BA.1.1」であることを確認し、BA.1.1系統株には変異部位の異なる5種類が存在しており、BA.2系統株にも変異部位の異なる3種類が存在することが判明したと発表した。

同発表は、東京医科歯科大学大学院 医歯学総合研究科ウイルス制御学分野の武内寛明准教授・東京医科歯科大学病院病院長補佐、難治疾患研究所ゲノム解析室の谷本幸介助教、リサーチコアセンターの田中ゆきえ助教、ウイルス制御学分野の北村春樹大学院生および多賀佳大学院生らによる「入院患者由来 SARS-CoV-2全ゲノム解析プロジェクトチーム」と、統合臨床感染症学分野の具芳明教授、木村彰方理事・副学長・特任教授および京都府立医科大学大学院分子病態感染制御・検査医学分野の貫井陽子教授らの共同解析によるもの。

研究チームは、2021年12月末から2022年2月中旬までのCOVID-19患者由来検体を用いて全ゲノム解析を行い、9割以上の患者がオミクロン系統株への市中感染であり、その7割以上が「BA.1.1」系統株への感染事例と確認したという。

  • 東京医科歯科大学におけるオミクロン系統株の内訳

    東京医科歯科大学におけるオミクロン系統株の内訳(出典:東京医科歯科大)

感染拡大の第6波初期(2021年12月1日〜2021年12月31日)には、オミクロン系統株「BA.1」および「BA.1.1」の両系統株が混在していたが、この解析結果から研究チームは、第6波中期(2022年1月〜2022年2月中旬)には、BA.1.1系統株が国内主流系統株となっているという見方を示した。

  • 日本国内で流行するオミクロン系統株の遷移

    日本国内で流行するオミクロン系統株の遷移(出典:東京医科歯科大)

そして、BA.1.1系統株には変異部位の異なる5種類が存在していることがわかり、市中流行BA.1.1系統株の多様化が進んでいることが示唆されたという。

  • 東京医科歯科大学病院にかかった患者由来検体から得られたオミクロン系統株

    東京医科歯科大学病院にかかった患者由来検体から得られたオミクロン系統株(BA.1/BA.1.1)(出典:東京医科歯科大)

一方、BA.1およびBA.2系統への感染事例は双方1割程度だったが、BA.2系統株も変異部位の異なる3種類が存在していると判明したという。

  • オミクロン系統株(BA.2)

    東京医科歯科大学病院にかかった患者由来検体から得られたオミクロン系統株(BA.2)(出典:東京医科歯科大)

ただし、オミクロン系統株に感染した患者の重症化リスクについては、系統株間において有意な差異は認められなかったとしている。

BA.1.1系統株は、BA.1に新たな変異(R346K 変異:レセプター結合領域)が加わった系統株であり、この変異はウイルス増殖速度が早まる可能性や感染伝播性が高まる可能性も指摘されているという。

そして、日本国内でBA.2への置き換わりが比較的緩やかである可能性の1つとして、BA.1系統株よりも感染伝播性が高い可能性を有するBA.1.1系統株が市中流行株の大部分を占めていることが考えられるという。

このことを示唆する事例として、BA.2系統株への急激な遷移を示した国(デンマークおよびフィリピン)では、BA.1系統株が主流であったのに対し、そのような兆候を示していない国(日本およびアメリカ)ではBA.1.1系統株が主流であることが挙げられるとのことだ。

研究チームは、BA.2系統株への置き換わりが進むと第6波の長期化に繋がる可能性が十分考えられることから、引き続き効果的な感染拡大防止策を継続すると同時に市中感染株の推移をモニタリングし、SARS-CoV-2流行実態を把握することが公衆衛生上の意思決定に重要だとしている。