特急「ゆふいんの森」「ゆふ」が運行され、2013年10月にデビューしたクルーズトレイン「ななつ星 in 九州」も走る久大本線。駅舎に関しては、モダンな由布院駅や、河童のようなデザインの田主丸駅が有名だが、その他にも興味深い駅舎が多い。善導寺駅は決して有名ではないが、じつに渋い木造駅舎といえる。
現在の駅舎は、待合室などを残して「半分化」されたそうで、駅舎の残り半分があった場所は駐車場になっていた。「簡易SUGOCA改札機」も設置されており、古き良き木造駅舎ながら時代の流れも感じさせる。なお、JR九州が2014年3月に実施するダイヤ改正で、深夜22時台に久留米発善導寺行の普通列車が設定されるという。