JR北海道は2019年3月16日に実施するダイヤ改正で、特急「スーパー北斗」にキハ261系を追加投入する。新製車両17両の追加投入により、キハ261系の「スーパー北斗」が7往復から9往復に増える一方、キハ281系を使用する列車は現在の5往復から3往復となる。
函館~札幌間を結ぶ特急列車は2018年3月ダイヤ改正ですべての定期列車が「スーパー北斗」に。キハ261系の新製車両も投入され、現在は12往復中7往復がキハ261系、5往復がキハ281系による運転となっている。来年3月のダイヤ改正では、現行のキハ281系を使用する列車のうち、下り「スーパー北斗1・15号」、上り「スーパー北斗10・24号」の2往復がキハ261系に。これにともない時刻も変更となる。
車両が変更される4本とも札幌駅の到着・発車時刻は現在と同じだが、下りの函館駅・新函館北斗駅発車時刻が「スーパー北斗1号」で8分、「スーパー北斗15号」で3分早くなっており、上りの新函館北斗駅・函館駅到着時刻も「スーパー北斗10号」で2~3分、「スーパー北斗24号」で7分遅くなっている。なお、日中時間帯に運転される下り「スーパー北斗15号」、上り「スーパー北斗10号」ともに時刻変更後も新函館北斗駅での北海道新幹線との接続時間は確保されている。
下り最終列車「スーパー北斗23号」の停車駅変更も発表された。現行の列車が停車している南千歳駅はダイヤ改正後に通過となり、次の千歳駅に停車して23時9分に発車する。千歳駅への停車により、同駅23時12分発、手稲行の普通列車(千歳線札幌方面の最終列車)に乗換え可能となり、「スーパー北斗」が停車しない長都~上野幌間各駅への利便性が向上する。