仙台地区の東北本線・常磐線・仙山線に昨年導入されたE721系1000番台。既存の0番台・500番台が2両固定編成だったのに対し、1000番台は4両固定編成となり、車体の帯色に「さくら色」が採用された。2017年3月までに19編成(計76両)を新製投入する。
昨年12月に運転再開した常磐線相馬~浜吉田間でも、登場間もないE721系1000番台による普通列車が運行されていた。車内は既存の0番台と同様、セミクロスシートでボックス席にドリンクホルダーが付いている。0番台と比べて座席の座り心地が改善されたほか、4両固定編成となったことで定員が増え、0番台を2編成連結した場合の定員540名に対し、1000番台の定員は574名(座席230名・立席344名)となった。
このE721系1000番台の新造にともない、JR発足初期から仙台地区で活躍する近郊形電車719系は順次廃車(標準軌区間で使用される5000番台などの車両は除く)される計画となった。719系が主力となっていた磐越西線の電化区間(郡山~会津若松・喜多方間)も、2017年3月4日のダイヤ改正に合わせてE721系を投入することが発表されている。