京浜東北・根岸線で活躍するE233系1000番台は2007年12月から投入された。置換え対象となったのは、1990年代に次世代を担う通勤形電車としてデビューした209系。20年足らずで京浜東北・根岸線から姿を消すことになった。
E233系1000番台は、0番台と比べて車体前面の帯の処理が異なり、窓下に京浜東北・根岸線のラインカラーであるスカイブルーを配した。前面窓下に列車番号が表示されるのも、0番台とは異なる特徴。1000番台以降のE233系は、地下鉄への直通運転に対応した2000番台を除き、この前面デザインが受け継がれていくことになる。