JR北海道は、2025年3月15日のダイヤ改正に合わせ、石勝線の普通列車(千歳~追分・新夕張間で運転)にH100形を投入し、既存のキハ150形とキハ40形をすべて置き換えると発表した。
石勝線の普通列車は、千歳~追分間で下り4本・上り3本、千歳~新夕張間で下り2本・上り3本、合計12本(上下各6本)を設定。現在はキハ150形またはキハ40形を使用している。
ダイヤ改正後、石勝線の普通列車は12本すべてH100形で運転。キハ150形とキハ40形を置き換えることにより、現行と比べて最大11分速達化するという。H100形を使用する列車については、各駅で乗客がボタンを押してドア開閉を行い、乗降りする方式に。冷房化と低床化を実施し、車いすスペース・車いす対応洋式トイレを備えた車両で、快適に利用できるとしている。
JR北海道は他の各線区でも、利用状況に合わせたダイヤの見直し等を行う。富良野線は利用の多い日中時間帯を中心に、富良野駅を発着する計8本の普通列車を現行の1両から2両編成に変更。夜間の一部列車については利用状況に合わせ、運転を取りやめる。花咲線(根室本線釧路~根室間)や釧網本線、函館本線の函館~森間でも早朝・夜間の一部列車を運転取りやめとする。
根室本線の東滝川駅、花咲線の東根室駅、宗谷本線の雄信内駅、南幌延駅、抜海駅はダイヤ改正に合わせて廃止に。釧網本線の緑駅は2025年4月1日から自治体による維持管理に移行する。