『設定』→「Safari」→「詳細」画面には「JavaScript」スイッチがありますが、これをオフにするとどうなるか、という意味ですね? 答えは「多くのWEBサイトで意図した機能/デザインが無効化」される、になります。機能性/利便性が大幅に低下するため、WEBサイトの開発検証目的などなにか特別な事情がないかぎりオフにすべきではありません。
JavaScriptはプログラミング言語の一種で、WEBブラウザ上でさまざまな機能を実現するために利用されます。文字列や画像の加工など表示にまつわる処理以外にも、サーバと通信してデータをやり取りするなど、WEBサイト上のコンテンツに動きを実現することも可能です。表計算やワープロ、ゲームなどアプリとしての機能を提供するサイト(WEBアプリ)が存在しますが、それらの多くはJavaScriptで実現されています。
SafariなどのWEBブラウザでJavaScriptを無効化すると、以降JavaScriptで記述されたプログラムが実行されなくなるため、それらの機能が使えなくなります。WEBアプリのサイトにアクセスしても、その表示領域になにも表示されなくなるか、アクセスそのものができなくなります。
ニュースサイトなどのWEBアプリとは関係なさそうなサイトについても、機能が大幅に制限されます。たとえば、複数の写真をスライドのように切り替える機構(カルーセル)はJavaScriptで実現されていることが多いため、その表示エリアは空白になります。サムネイルの自動生成に使われていれば、やはりその部分はなにも表示されません。
ただし、ブラウザ上でプログラムを逐次実行することがなくなれば安全性は高まります。エンドユーザに被害をもたらす悪意のWEBサイトに誘導されたとしても、被害を受ける確率は格段に低下します。