JR九州は西九州新幹線開業に合わせ、9月23日に在来線の各線区でダイヤ改正を実施した。鹿児島地区では、肥薩線吉松~隼人間から日豊本線(鹿児島中央方面)へ直通する列車がなくなり、肥薩線から吉都線へ直通する列車も減便された。
肥薩線吉松~隼人間と吉都線(都城~吉松間)は、9月18~19日にかけて九州に上陸した台風14号の影響を受け、複数箇所で築堤崩壊の被害が発生。現在は全区間で列車の運転を見合わせ、臨時ダイヤによるバス代行輸送を実施している。復旧に向けた作業が順調に進んでいることから、肥薩線吉松~隼人間は10月2日、吉都線は10月3日の始発から運転再開する予定となった(天候・作業により運転再開日が変更となる場合がある)。
ダイヤ改正前の肥薩線吉松~隼人間では、普通列車を下り11本・上り12本設定しており、朝の下り1本、夕夜間の上り1本は隼人駅から日豊本線へ乗り入れ、鹿児島中央駅発着で運転されていた。吉松駅から吉都線へ乗り入れる列車も下り4本・上り3本あり、夕夜間の鹿児島中央発の上り列車は肥薩線・吉都線を経由し、都城行として運転された。
ダイヤ改正後、肥薩線吉松~隼人間の運転本数に変更はないが、下り・上り各1本設定されていた鹿児島中央駅発着の列車がなくなり、すべて隼人駅発着となった。日豊本線では、肥薩線からの直通列車に代わり、朝の時間帯に隼人駅7時51分発・鹿児島中央駅8時33分着(電車で運転)、夕夜間に鹿児島中央駅17時46分発・隼人駅18時36分着(気動車で運転)の普通列車を設定している。
隼人駅を17時台以降に発車する肥薩線の上り列車は時刻を変更。ダイヤ改正前、隼人駅の発車時刻は17時0分・17時56分・18時38分(日豊本線からの直通列車)・19時44分・21時21分だったが、ダイヤ改正後の発車時刻は17時0分・18時8分・19時11分・20時11分・21時22分となり、運転間隔の均等化(毎時1本の運転)を図った。時刻を変更した列車のうち、隼人駅18時8分発の列車については、日豊本線の普通列車(上りは隼人駅17時36分着、下りは隼人駅17時33分着)からの乗換時間が30分以上に。隼人駅19時11分発の列車については、日豊本線の上り普通列車(隼人駅18時52分着)に加え、特急列車の上り「きりしま16号」(隼人駅19時5分着)からも乗換え可能となった。
肥薩線・吉都線を直通する列車も、ダイヤ改正後は下り・上り各2本に減便。朝の上り1本はダイヤ改正前と同様、隼人駅から肥薩線・吉都線を経由し、都城駅から日豊本線へ直通する南宮崎行として運転される。吉都線もダイヤ改正後の運転本数に変更はないが、夕夜間の肥薩線で上り列車の時刻が変更されたことを受け、吉都線の上り最終列車も時刻を変更。ダイヤ改正前の吉松駅19時46分発から、ダイヤ改正後は吉松駅20時11分発(隼人駅19時11分発・吉松駅20時8分着の列車と接続)となり、発車時刻を25分繰り下げた。