JR九州は、西九州新幹線が2022年9月23日に開業し、同日に在来線各線区のダイヤ改正を実施すると発表した。「対面乗換方式」で運転される西九州新幹線「かもめ」と、在来線の「リレーかもめ」「みどり」など特急列車の時刻表も公開されている。
西九州新幹線「かもめ」は、武雄温泉~長崎間で上下計44本を運転するほか、朝の時間帯に新大村発長崎行を2本、深夜に長崎発新大村行を1本運転。合計の本数は上下計47本(下り24本・上り23本)となる。武雄温泉駅で西九州新幹線「かもめ」と同一ホーム乗換えが可能な特急「リレーかもめ」は、上下計34本(下り18本・上り16本)を運転。佐世保駅発着の特急「みどり」も、上下計10本(下り4本・上り6本)を「みどり(リレーかもめ)」の愛称名で運転し、武雄温泉駅で「かもめ」と同一ホーム乗換えを行う。
現行の特急「かもめ」「みどり」は別々の号数表示だが、ダイヤ改正後の「みどり」は「リレーかもめ」と共通の号数表示に。下りは朝6~7時台に「リレーかもめ1・3・5号」(武雄温泉行)が博多駅を発車した後、7時28分に「みどり7号」(佐世保行)が博多駅を発車する。上りは佐世保駅6時7分発の「みどり2号(リレーかもめ)」から始まり、続いて「リレーかもめ4号」「みどり6号」「リレーかもめ8号」が博多駅へ運転される。
武雄温泉駅で接続する新幹線と在来線特急列車は1本の列車として案内する予定となっており、西九州新幹線「かもめ」は「リレーかもめ」「みどり(リレーかもめ)」に合わせた号数表示に。そのため、「欠番」扱いとなる号数もある。下りは「かもめ1・3・5号」に続いて「かもめ9号」、その次に「かもめ13号」を運転。上りは「かもめ2・4号」に続いて「かもめ8号」、その次に「かもめ12号」を運転する。武雄温泉発長崎行の下り最終列車は「かもめ65号」、長崎発武雄温泉行の上り最終列車は「かもめ64号」に。これとは別に、新大村~長崎間の「かもめ」は100番代が付与され、朝の下りは「かもめ101・103号」、深夜の上りは「かもめ102号」として運転される。
西九州新幹線「かもめ」と接続する在来線特急列車に関して、下りは博多駅を15時台に発車する列車まで「リレーかもめ」のみ、16~19時台に毎時1本ずつ「みどり43・47・51・55号(リレーかもめ)」を運転する。「リレーかもめ」「みどり」の下り最終列車は、博多駅を22時台に発車する「リレーかもめ65号」「みどり67号」となる。上りは始発列車の「みどり2号(リレーかもめ)」に加え、9時台に「みどり14号(リレーかもめ)」が佐世保駅を発車。16時台以降、おおむね1時間おきに「みどり46・50・54・58号(リレーかもめ)」が佐世保駅を発車する。「みどり」の上り最終列車は佐世保駅20時47分発の「みどり60号」、「リレーかもめ」の上り最終列車は武雄温泉駅22時43分発の「リレーかもめ64号」となっている。
なお、博多~早岐間で「みどり」と併結運転を行う特急「ハウステンボス」は、これまでと同様、「みどり」と同一の号数に。ダイヤ改正後、下りは「ハウステンボス11・15・19・27・31号」、上りは「ハウステンボス22・26・30・38・42号」として運転される。
新設の特急「かささぎ」は、肥前鹿島駅発着の列車に100番代を付与し、下り「かささぎ101・103・105・107・109・111・113号」、上り「かささぎ102・104・106・108・110・112・114号」を運転。佐賀駅発着の列車に200番代を付与し、深夜に下り「かささぎ201号」、朝に上り「かささぎ202・204号」を運転する。土休日に佐賀駅8時59分発・博多駅9時39分着で運転される臨時列車は「かささぎ252号」となる。