JR九州は10日、西九州新幹線が開業する2022年9月23日にダイヤ改正を行うと発表した。西九州新幹線武雄温泉~長崎間では、「かもめ」を1日あたり上下計47本(下り24本・上り23本)運転。日中時間帯は片道1時間あたり1本とし、速達の停車パターンも設定する。
西九州新幹線武雄温泉~長崎間の営業キロは69.6kmとされ、既存の武雄温泉駅、諫早駅、長崎駅に加え、武雄温泉~諫早間に嬉野温泉駅と新大村駅が新設される。9月23日の開業後、武雄温泉~長崎間の「かもめ」を上下計44本(下り・上り各22本)運転するほか、新大村~長崎間でも上下計3本(下り2本・上り1本)の「かもめ」を運転。朝の通勤通学時間帯に新大村駅始発の新幹線を設定し、大村地区、諫早地区、長崎地区における通勤通学の利便性向上を図る。
西九州新幹線区間では、停車パターンを3種類設定。武雄温泉~長崎間で運転する「かもめ」上下計44本(下り・上り各22本)は始発駅・終着駅となる武雄温泉駅と長崎駅に加え、諫早駅にもすべての列車が停車する。一方、嬉野温泉駅に停車本数は上下計25本(下り12本・上り13本)、新大村駅の停車本数は上下計37本(下り19本・上り21本)となる。
片道1時間あたりの運転体系として、朝・夕通勤時間帯に毎時2本、日中時間帯に毎時1本の運転をイメージしているという。日中時間帯に運転される「かもめ」の一部列車は嬉野温泉駅と新大村駅を通過する。長崎駅に朝8時台に到着する下り「かもめ」は、武雄温泉発長崎行1本(途中の各駅に停車)、新大村発長崎行1本の計2本となる予定。長崎駅を18時台に発車する上り「かもめ」は、長崎発武雄温泉行を2本(うち1本は嬉野温泉駅通過)運転する予定となっている。
なお、武雄温泉駅で接続する西九州新幹線「かもめ」と在来線特急列車(「リレーかもめ」「みどり」「ハウステンボス」)について、「1本の列車として『博多行き』『長崎行き』でご案内します」とJR九州。ネットきっぷなど一部を除き、「きっぷは1枚で発売します」としている。