JR北海道は、2022年3月12日に実施するダイヤ改正で、東北・北海道新幹線「はやぶさ」の一部変更に合わせ、「はこだてライナー」の時刻も変更する。北海道新幹線と特急「北斗」の接続時間を改善することも発表されている。
ダイヤ改正後、東北新幹線では利用状況に合わせた一部列車の臨時列車化を予定しており、北海道新幹線へ直通する現行の下り「はやぶさ29・33号」も臨時列車に。代わって「はやぶさ27・31号」が東京発新函館北斗行となり、「はやぶさ27号」は18時29分、「はやぶさ33号」は19時44分に新函館北斗駅に到着する。
これにともない、新函館北斗駅で接続する「はこだてライナー」も時刻を変更。「はやぶさ27号」に接続する快速「はこだてライナー」は新函館北斗駅18時39分発・函館駅18時54分着(現行の時刻より11分繰上げ)、「はやぶさ31号」に接続する快速「はこだてライナー」は新函館北斗駅19時55分発・函館駅20時10分着(現行の時刻より5分繰上げ)で運転される。
「はこだてライナー」は他にも運転時刻を変更する列車があり、上りは8本(「はやぶさ27・31号」と接続する2本は除く)において新函館北斗駅の発車時刻を2~5分繰り上げ、北海道新幹線からの乗換え時間を短縮。下りも一部列車の時刻を変更し、うち4本において新函館北斗駅の到着時刻を5~6分繰り下げ、北海道新幹線への乗換え時間を短縮する。
函館~札幌間の特急「北斗」も一部列車で時刻を見直し、下り4本・上り9本について新幹線との接続時間を短縮する。下りで接続時間短縮効果の最も大きい列車は「北斗13号」で、現行の函館駅13時53分発・新函館北斗駅14時12分発・札幌駅17時47分着から函館駅13時31分発・新函館北斗駅13時50分発・札幌駅17時30分着に繰り上げ、新函館北斗駅に13時33分に到着する「はやぶさ13号」からの乗換え時間を22分短縮している。
上りで接続時間短縮効果の最も大きい列車は「北斗10号」で、現行の札幌駅10時42分発・新函館北斗駅14時12分着・函館駅14時27分着から札幌駅10時57分発・新函館北斗駅14時26分着・函館駅14時41分着に繰り下げ、新函館北斗駅を14時48分に発車する「はやぶさ34号」への乗換え時間を14分短縮している。その他、上り「北斗6・8・20号」についても、新函館北斗駅での北海道新幹線との接続時間を12~13分短縮する。