iPhoneに付属の「メッセージ」は、複数のメッセージサービスが"相乗り"したアプリです。電話番号を目印に最大670字の文章を送信する「SMS」、文字数の制限がなく画像も添付できる「MMS」は通信キャリアが、顔の動きをアニメーションで表現するなど独自機能を持つ「iMessage」はAppleが提供します。
迷惑メールといえば、パソコンでも利用するメール(インターネットメール)を使うものですが、SMS/MMSを使うことも珍しくありませんし、iMessageで送られてくることもあります。メール同様、「メッセージ」アプリに届いたメッセージへ安易に反応することは禁物です。
知らない人物・メールアドレスから届いたメッセージは、勧誘や詐取などなんらかの悪意を持って送信したもののどちらかと考えるべきです。コンピュータで大量に自動生成した電話番号/メールアドレス宛にメッセージを送信しまくる相手だとすると、返信すれば自分の電話番号/メールアドレスが"生きている"ことがバレてしまい、以降怪しげなメッセージがどしどし届く可能性大です。
「メッセージ」アプリは、『設定』→「メッセージ」画面の「不明な差出人をフィルタ」スイッチをオンにしておくと、連絡先にメールアドレスや電話番号の登録がある人物、これまで電話やメールでやり取りがあると記録をもとに判断した人物を「既知の人物」に、それ以外の人物からのメッセージは「不明な差出人」に分類してくれます。不明な差出人をフィルタしておけば、ほとんどの迷惑メッセージは目に入らなくなります。
なお、SMS/MMSに送られてくるメッセージは、その情報画面にある「この発信者を着信拒否」をタップすると、その人物から新たにメッセージが届いても通知されなくなります。これで迷惑なメッセージは気にならなくなるはずです。