条件付きですが、Apple Payを利用できます。前提として、Apple Payに対応するiPhone(交通機関/店舗決済で使うためにはiPhone 7以降が必要)を用意し、利用者のApple IDでiCloudにサインインしておきましょう。最新バージョンのiOSにアップデートしておく必要もあります。
その条件とは、登録するカードに関する制約です。Apple Payを交通機関/店舗決済に利用する場合、Apple Payに対応したクレジットカードの登録が必要になりますが、クレジットカードは与信審査の関係で未成年者には発行されません。18歳以上で高校を卒業し保護者の承諾があれば、カード会社(およびカードの種類)によっては発行可能ですが、ご質問では中学生とのことですから対象外です。
Apple Payを利用できるのは13歳以上とされているため、すべての中学生とはいえないものの、クレジットカードの代わりに「プリペイド式カード」を利用するという手があります。
たとえば、Suica(無記名式)は中学生であってもApple Payで利用できます。現金でチャージする必要があるものの、店頭では「Suicaで」と伝えれば支払いできますし、Face IDやTouch IDによる個人認証なしに決済可能な「エクスプレスカード」として登録できるため、利便性は高いといえるでしょう。
チャージ式の電子マネーカードという選択肢もあります。通信キャリアが発行する電子マネーカード、たとえばauWALLETやdカードプリペイド、ソフトバンクカードは12歳以上から発行可能なため、中学生でもApple Pay用のカードとして利用できます。もちろん、電子マネーの名称(iDやQUICPay)を伝えれば店頭での支払いもOKです。