JRグループが3月4日に実施するダイヤ改正で、日本最長距離の定期普通列車とされる山陽本線369Mの運転区間が短縮される。運転時間が最長だった根室本線の普通列車2427Dは、最新の時刻表にてダイヤ改正後も滝川~釧路間の列車として設定された。
根室本線滝川~釧路間を走る「日本一長い普通列車」は、かつて列車番号「2429D」で知られたが、現在は「2427D」となっている。2016年3月ダイヤ改正後の運転時刻は滝川駅9時40分発・釧路駅18時1分着で、滝川~釧路間308.4kmを8時間21分かけて走る列車だった。現在、東鹿越~新得間が不通のため、「2427D」としての運転は新得~釧路間のみ。滝川~東鹿越間は「9627D」の列車番号で運転されている。
この滝川~釧路間の普通列車に関して、最新の時刻表では引き続き「2427D」の列車番号が使用されている。2017年3月ダイヤ改正後の2427Dは滝川駅9時42分発・釧路駅18時1分着で、全区間走行した場合の所要時間は8時間19分。ただし、JR北海道は根室本線富良野~新得間を「当社単独では維持することが困難な線区」「輸送密度が200人未満(片道100人未満)の線区」として「バス等への転換」の意向を示しており、現在不通となっている東鹿越~新得間も被害が甚大で、列車による運転再開のめどは立っていない。
山陽本線369Mは糸崎~下関間に - 高尾~長野間直通の普通列車も
山陽本線では、2016年3月ダイヤ改正にて岡山駅16時17分発・下関駅23時50分着の普通列車369Mを設定。岡山~下関間384.7kmを7時間33分かけて走り、走行距離において根室本線滝川~釧路間の普通列車を上回る列車となった。
2017年3月ダイヤ改正で、369Mの運転区間は糸崎~下関間297.2kmとなり、運転時刻は糸崎駅17時46分発・下関駅23時50分着で、所要時間は6時間4分となる。現行ダイヤと同様、下関駅で小倉行の最終列車(下関駅23時51分発・小倉駅0時4分着の普通列車5239M)に接続する。369Mは運転区間の短縮で走行距離が300km以下となるものの、上野東京ライン経由で黒磯~熱海間267.9kmを走る列車や新快速の一部列車より長距離を走る列車となる。
その他、中央本線・篠ノ井線でも長距離を走る普通列車が設定された。夕方の松本駅での乗換え解消のため、普通列車441Mが高尾~長野間で直通運転を行う。高尾駅を14時2分に発車した後、松本駅には17時31分着・17時34分発、終点の長野駅には18時53分に到着する。高尾~長野間245.0kmを4時間51分かけて走る列車となる。