JR九州は4月14日時点のゴールデンウィーク期間(4月28日から5月8日まで)指定席予約状況について発表している。期間中の新幹線・在来線の予約可能席数66万席に対し、予約席数は17万6,000席で前年比108.6%だったという。
このうち、九州新幹線の予約可能席数は36万4,000席(下り・上り各18万2,000席前後)で、4月14日時点での予約席数は9万5,000席(前年比107.0%)だった。予約率は下り・上りともに山陽新幹線直通「みずほ」「さくら」が高くなっている。
在来線では、長崎・佐世保方面の特急「かもめ」「みどり」「ハウステンボス」が予約可能席数18万2,000席(下り・上り各9万1,000席)に対し予約席数4万8,000席(前年比110.7%)、大分・宮崎方面の特急「ソニック」「にちりん」が予約可能席数11万3,000席(下り5万4,000席・上り5万9,000席)に対し予約席数3万2,000席(前年比110.3%)となった。
新幹線・在来線の予約のピーク日に関して、下りが4月29日と5月3日、上りが5月5日と予想されていた。特急「ゆふいんの森」「あそぼーい!」「A列車で行こう」をはじめとするD&S列車の予約状況も公開されており、8列車合計の予約可能席数は4万3,250席、4月14日時点の予約席数は2万921席で前年比111.3%だった。
これらはすべて4月14日時点のデータとされている。最大震度7を観測した熊本地震は同日夜に発生。九州新幹線は回送列車1編成の脱線などの被害を受け、博多~鹿児島中央間の全区間で運転を見合わせており、復旧の見込みは立っていないという。16日未明の地震では、豊肥本線でも回送列車の脱線や土砂流入などの被害を受けた。現在も熊本地区の在来線を中心に列車の運転見合わせが続いている。