熊本空港に国内線を就航しているJALやANAなど6社は、4月16日より空港が閉鎖されている状況を受け、17日も熊本発着便を全便欠航する。
国土交通省によると滑走路自体は運用に支障はないとしているが、熊本空港ビルディングによると3階建てのターミナルビル内に地震による建築被害があり、ターミナルビルの再開の見通しはまだたっていないという。熊本空港にはJALやANA、ソラシドエア、フジドリームエアラインズ、天草エアライン、ジェットスタージャパンが、定期便のほか臨時便・不定期便の運航を予定していたが、空港閉鎖を受け、16日に続いて17日も熊本発着便を全便欠航とした。
JALグループでは4月15～22日の北九州/福岡/大分/熊本/長崎/宮崎/鹿児島空港発着便に関して、実際の運航状況に関わらず手数料なしでの搭乗予定便の変更(振替)および航空券の払い戻しに対応。ANAはコードシェア便(共同運航便)を除く4月15～22日の福岡/大分/佐賀/熊本/長崎/宮崎/鹿児島空港発着便に関して、実際の運航状況に関わらず手数料なしでの搭乗予定便の変更(振替)および払い戻しを受け付けている。
ソラシドエアは4月15日～22日の大分/熊本/長崎/宮崎/鹿児島空港発着便に関して、実際の運航状況に関わらず同区間の便への変更、または取消手数料なしでの払戻に対応している。また、4月15日以前に購入した4月23日～5月8日熊本空港発着便に関しても、手数料なしで搭乗予定便の変更(振替)および払い戻しを受け付けている。フジドリームエアラインズは4月16日～22日の北九州/福岡/熊本/鹿児島空港発着便に関して、実際の運航状況に関わらず1カ月以内の同区間の便への変更、または取消手数料なしでの払戻に対応している(チャーター便を除く)。
