熊本県熊本地方を震源とする地震が16日1時25分に発生した。地震の規模を示すマグニチュードは7.5で、14日の「平成28年(2016年)熊本地震」のマグニチュード6.5を上回った。最大震度6強で、揺れの強かった地域は14日の地震より広範囲に及んだ。これにより、九州内の鉄道各路線で16日始発から運転を見合わせるなど、ダイヤが乱れている。
JR九州の列車運行情報によれば、16日9時現在、運転を行っているのは福岡・北九州エリアの鹿児島本線門司港~二日市間(大幅に本数を減らして運転)、山陽本線下関~門司間(本数を減らして運転)、日豊本線小倉~行橋間(本数を減らして運転)、福北ゆたか線篠栗~博多間(本数を減らして運転)、香椎線、筑肥線姪浜~唐津間・山本~伊万里間、鹿児島・宮崎エリアの日豊本線・鹿児島本線宮崎~鹿児島中央~川内間(本数を減らして運転)、日南線、宮崎空港線、指宿枕崎線、吉都線、肥薩線隼人~吉松間。他の線区は全区間で始発から運転を見合わせている。
JR九州の特急列車は、宮崎~鹿児島中央間の特急「きりしま」、日南線の特急「海幸山幸」、指宿枕崎線の特急「指宿のたまて箱」のみ運転。他の特急列車・D&S列車は運休となる。九州新幹線は14日の地震の影響で博多~鹿児島中央間で運転見合わせが続く。山陽新幹線は運転を実施しており、「みずほ」「さくら」は博多駅発着での運転となる。
西日本鉄道は地震の影響で全線で運転を見合わせたが、貝塚線は8時から運転再開し、天神大牟田線・大宰府線・甘木線も9時30分から運転再開予定。福岡市交通局はJR筑肥線と相互直通運転を行う空港線をはじめ、全線で始発から通常通り運転を行っている。
南阿蘇鉄道は15日時点で16日始発から運転再開を予定していたが、16日未明の地震で南阿蘇村が震度6強を観測しており、16日も運転見合わせとなった。熊本電気鉄道は16日始発から全線で運転を見合わせ、運転再開の見通しは立っていない。熊本市交通局も市電全線で始発から運転を見合わせると発表した。肥薩おれんじ鉄道は肥後高田~川内間運転再開(八代~肥後高田間は線路点検中)したが、「おれんじ食堂」は運転を取りやめた。