愛媛県や今治市などで構成するしまなみサイクルトレイン利用促進協議会とJR四国は、自転車をそのまま列車内に持ち込める「サイクルトレイン」を春と秋のシーズンに予讃線で運行する。
「サイクルトレインしまなみ号」の名称で、松山駅7時29分発・波止浜駅9時04分着・今治駅9時13分着と、今治駅17時48分発・波止浜駅17時56分発・松山駅18時50分着の上下各1本を運転。自転車の持込みと降車は、松山駅・波止浜駅(上りは降車のみ、下りは持込みのみ)・今治駅の3駅に限る。運行期間は、春が4月19日から5月25日までの土休日(計15日)、秋は9月14日から11月24日までの土休日(計25日)。
なお、5月25日は、「瀬戸内しまなみ海道サイクリング今治大会」が開催されるため、別時刻での運転となる。10月26日は、「瀬戸内しまなみ海道・国際サイクリング大会」の開催に合わせて大会用のサイクルトレインが運行され、「サイクルトレインしまなみ号」は運休となる。
「サイクルトレインしまなみ号」は定員30名で、先着順の事前予約制。JR四国ワープ松山支店で電話にて受け付ける。代金は、松山~波止浜間が大人片道900円・往復1,800円、松山~今治間は片道1,000円・往復2,000円。小学生以下の子供は半額。