9月3~4日に接近、上陸した台風12号の影響で、JR東海、JR西日本、JR四国など各鉄道会社の路線で運転見合わせとなる区間が発生している。
紀伊半島を走るJR紀勢本線では、多気~白浜間で全列車の運転を見合わせた。同線の紀伊天満~那智間に架かる那智川橋梁(和歌山県那智町)の一部が流失したことが報じられ、復旧に時間を要すると予想される。
同線の運転見合わせにともない、名古屋発の特急「ワイドビュー南紀」は全列車が運休に。京都・新大阪発の特急「くろしお」「スーパーくろしお」なども、白浜~新宮間の運転を休止することになった。紀伊田辺~新宮間の普通列車も、全列車運転を見合わせている。
紀勢本線のほかにも、JR東海の参宮線多気~鳥羽間、名松線松阪~家城間、飯田線本長篠~天竜峡間、JR西日本の播但線寺前~和田山間、因美線美作加茂~智頭間が終日運転見合わせに。三重県を走る三岐鉄道三岐線も、近鉄富田~西藤原間の全線で運転を見合わせている。
JR四国では、徳島県を走る牟岐線の日和佐~牟岐間で列車の運転を見合わせ、代行バスの運転を開始している。これに接続する牟岐線牟岐~海部間と阿佐海岸鉄道阿佐東線は列車を運行しているが、代行バスとの接続により、時刻に変更が生じている。
他の路線でも、特急列車の運転取り止めや列車の遅れなどが発生している。今後の運行状況は各鉄道会社サイトの列車運行情報にて更新される。