JR東日本は11日、東北新幹線など新幹線と首都圏在来線の運行計画を発表した。当初4月末に全線再開予定だった東北新幹線は、7日の余震の影響で4月末~5月上旬に変更とのこと。福島 - 仙台間はひと足先に27日頃の運行再開予定。一ノ関 - 盛岡間は24日頃、盛岡 - 新青森間は13日に運転再開という。
東北新幹線は運行再開区間も当面は臨時ダイヤでの運行となる。山形新幹線は臨時ダイヤで東京 - 山形間9往復、山形 - 新庄間6往復で運行中。秋田新幹線は盛岡 - 秋田間も臨時ダイヤで5往復の運転。なお、秋田新幹線「こまち」は通常は全車指定席だが、現在はグリーン車を除き自由席扱いとなっている。乗車するには乗車券の他に特定特急券が必要とのこと。特定特急券は列車や条件などを限定した特急券で、平常時の「こまち」用は着席を保証せず、空いている指定席のみ使用できるという。今回は自由席特急券の代用として発行される。
上越新幹線、長野新幹線は通常運転。ただし、各路線とも余震の発生により、列車の遅れや運休、接続列車の変更が発生する場合があるという。
東京から秋田、盛岡、青森方面の利用について、JR東日本は日本海ルート、山形新幹線ルートを案内している。東京から秋田・青森へは上野 - 青森間の寝台特急「あけぼの」を1日1往復運転。または東京 - 新潟間の上越新幹線と新潟 - 秋田間の特急「いなほ」(1日3往復)、秋田 - 青森間の特急「つがる」(1日4往復)を利用可能。東京 - 秋田間の所要時間は約6時間、東京 - 青森間は約9時間という。
東京 - 盛岡間は日本海ルートに加えて、東京 - 新庄の山形新幹線と新庄 - 大曲間の奥羽本線、大曲 - 盛岡間の秋田新幹線「こまち」が接続する。東京 - 盛岡間の所要時間は日本海ルート、山形新幹線ルートどちらも約8時間とのこと。
首都圏発着の主な特急列車は、「成田エクスプレス」が一部列車を運転中、「踊り子」は16日と17日に東京 - 伊藤間で3往復のみ運転、「ひたち」は4月中旬に上野 - 高萩間で一部列車を運転再開予定、「草津」は土日のみ定期列車を運転するが、長野原草津口 - 万座・鹿沢口間は当面の間運休とのこと。「きぬがわ」「日光」は当面の間運休という。