3大学のT2Kシステムの諸元を次の表に示す。

筑波大 東大 京大
ノードマシン Appro XtreamServer-X3 日立 HA8000-tc/RS425 富士通 HX600
ノードCPU 2.3GHz 4コアOpteron ×4個
ノード数 648 952 416
ピークFlops 95.4TFlops 140TFlops 61.2TFlops
LINPACK性能 ? 82.9842TFlops (768ノードで測定) 50.5TFlops
総メモリ量 20TB 31TB 13TB
インタコネクト IB 8GB/s ×2 Myri 10G 5GB/s×2(A群) 2.5GB/s×2(B群) IB 8GB/s×2
BiSection BW 5.2TB/s 2.5TB/s(512 A群) 3.3TB/s
ファイル 800TB 1PB 883TB
その他 5.7TFlops SE M9000

ピーク性能では、予算の多い東大のシステムが一番高く、SMPサーバにも予算を割いた京大が一番低いが、その京大でも61.2TFlopsと、地球シミュレータの約41TFlopsの1.5倍の性能がある。一方、インタコネクトは、5GB/s(1.25GB/s×4本)のMyrinetを採用した東大に較べて、8GB/s(2GB/s×4本)のInfiniBandを選択した筑波大、京大の方が性能が高い。 また、筑波大のシステムは1種類の計算ノードをInfiniBandで接続した素直な構成であるが、東大はサイズもインタコネクトバンド幅も異なる4つのクラスタを接続したシステム、京大はOpteronクラスタと大規模SMPシステムである富士通のSPARC Enterprise M9000　5台のクラスタを併設したシステムである。

素直な構成を選んだ筑波大、計算ノードに重点を置きインタコネクトは軽くした東大、分散メモリにアプリを書き換えられず、どうしても巨大メモリ空間が必要というユーザに配慮して大規模SMPを併設した京大と、同一仕様での調達であるが、大学によってポイントの置き方が異なる。